由于對細菌和病毒很恐懼，所以市場上宣傳以除菌為主的凈水器很受消費者歡迎。但如果使用的水源是自來水的話，除菌則是選購凈水器最大的概念誤區(qū)。因為自來水已投加了足以殺滅所有細菌的氯氣，且末梢自來水的余氯含量不低于國家標準0.05mg/L，完全可以保證用戶水龍頭出水不含任何細菌。

相反，對市場上某些凈水器進行的檢測結果表明，使用幾天后，如果不進行反沖洗，本來合格的自來水流過凈水器后細菌總數將遠遠超過飲用水標準范圍。既使定時進行反沖洗，隨著使用時間的增加，細菌含量也會逐漸升高直至超標，并且，其去除有害物質的能力也逐漸下降，當出水量超過凈水器的額定凈水量后，有害物質還會釋放到水中。

美國聯(lián)邦環(huán)保署曾警告使用凈水器的消費者要將水煮沸后再飲用，其主要目的是殺滅由凈水器帶入水中的細菌。